A terceira temporada começa momentos após o tiroteio, quando é revelada a identidade do assassino de Nathan e as razões de porque a conferência foi encurtada - imediatamente jogando Peter e Matt em um território inesperado. Com seus poderes parcialmente recuperados, Sylar decide visitar Claire para uma recuperação total. Enquanto isso, em Tóquio, Hiro e Ando são processados por guardaram um segredo de família que pode dividr o planeta. Em Nova Iorque, graças a Maya, Suresh faz uma ligação que pode mudar o mundo - ou apenas destruí-lo. Quem Será Tracy Strauss?.